En 844 les Normands pénètrent dans le Pertuis d’Antioche, ravagent l’île d’Aix égorgent les habitants et brûlent un prieuré bénédictin au lieu-dit Les Ormeaux. L’île reste déserte pendant presque deux siècles.
En 1067 l’Ile est donnée par Isambert de Châtelaillon aux moines de Cluny pour y construire un nouveau prieuré dédié à Saint-Martin. Autour du monastère, le village va se développer.
L'église du XIe siècle comportait un prieuré et une église sur crypte.
La nef était rythmée par quatre arcs en plein cintre, dont l’un est intégré au-dessus de la porte d'entrée actuelle. L'église est constituée de la crypte, du chœur, d'une chapelle et du transept de l'église initiale. La partie Ouest sous voûte est du XIIe siècle, la partie Est sous toiture et la crypte datent du XIe siècle.
1757 - Les premières fortifications non achevées faute d'argent, sont détruites en un instant par l'attaque anglaise du 21 septembre. 150 navires anglais et 11300 hommes attaquent l'île, 4000 soldats débarquent, font sauter le donjon, pillent le village, détruisent le clocher et volent la cloche.
1880.- Les travaux entrepris aux batteries de Tridoux et Jamblet mettent à jour les ossements des prêtres réfractaires. Ils sont noyés dans les remblais, le maire ordonne de les recueillir et de les transférer dans la crypte de l'église.
1970 -1971 — Des travaux de restauration sont engagés pour retrouver le niveau du sol d'origine. Les ossements des prêtres réfractaires sont alors regroupés sous le maître autel.
L’enfer des Pontons -
En exécution des décrets des 27 mai et 26 août 1792, aggravés encore par ceux des 23 avril et 21 octobre 1793, 2397 prêtres furent déportés: 76 à Nantes, 1494 à Bordeaux, 827 à Rochefort.
Ce fut la première déportation, celle de l'an II, sous la Convention.
Pour avoir voulu rester fidèles à leur foi de baptisés et avoir refusé de prêter serment à la constitution civile du clergé, ils furent arrêtés et déportés.
Les 827 prêtres envoyés à Rochefort appartenaient à 35 diocèses, principalement de :
o EST : Verdun, Nancy, Saint-Dié
o OUEST: Angoulême, Poitiers, Limoges, Tulle, Périgueux
o BRETAGNE: Vannes, Quimper, Saint-Brieuc
o NORMANDIE: Rouen
o CENTRE : Moulins, Autun
Ils arrivèrent à Rochefort, par groupes, de mars à juillet 1794, et furent répartis sur deux vaisseaux négriers: Les Deux Associés et Le Washington, mouillés sur la rade de l'Ile d'Aix.
Et là, pendant dix mois, d'avril 1794 à février 1795, se prolongea leur atroce agonie dans ce que l'on a nommé : l’enfer des pontons.
Les Prêtres déportés et martyrs de l'estuaire de la Charente -
1794 – 1795 - Sur ces bateaux, leur vie fut un véritable enfer : les déportés furent entassés sur ces deux navires ; ils ne pouvaient pas s'allonger pour dormir et devaient se contenter d'une soupe infecte, de fèves pas cuites pleines de vers et de pain noir en très petite quantité. Les matelots buvaient leur ration de vin et la remplaçaient par de l'eau salée.
L'équipage les maltraitait, les frappait, les fouillait à chaque instant.
S'ils remuaient les lèvres en priant tout bas, ils risquaient d'être mis aux fers en étant privés de nourriture plusieurs jours. Leur plus grande souffrance était de ne pouvoir prier et surtout de ne pouvoir célébrer la Messe.
Les prêtres acceptaient ces souffrances et ces misères en pensant à Jésus-Christ condamné à mourir sur la croix, et leur martyre a certainement aidé l'Eglise de France à retrouver la liberté du culte.
En moins de six mois, de ces 827 prêtres, 542 périrent d’avril à août 1794. Lors de la construction de la batterie de nombreux corps furent retrouvés. Ces ossements furent rassemblés dans la crypte de l’église.
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